- 申請方式
線上申請：於本系統線上申請生態保護區入園許可，依各項規定填寫辦理。並於取得許可證後，另向警政署或各轄區警察單位申請入山許可證。
連絡電話：03-8621576 或 03-8621100轉605
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- 申請期限
一、每天07：00至23：00，為系統受理申請時間，依各路線規定申請期限辦理；23：00至07：00，為系統維護停止申請案件時間。目前部份路線已實施承載量管制，敬請配合相關注意事項及人數限制等訊息。
二、奇萊主（北）峰、奇萊連峰、奇萊東稜、奇萊南峰、南湖大山、南湖中央尖、北一縱走北二、北二段、閂山鈴鳴山、閂山單攻、畢祿縱走羊頭、清水山、其它路線：
（一）入園5天15：00前至2個月前可提出申請，得申請連日行程。
（二）每份申請書為一隊，每隊最多不得超過12人，若超過上述人數，請分別填寫，領隊及隊員均不得重覆。
（三）入園前5天內申請案件不予受理。(連續假期應於放假前1天15：00前完成申請）
（四）入園前2個月內提出申請案件以線上申請時間為先後排序。
（五）入園申請案件經登錄系統後，日期、人員(含領隊、隊員、留守)不得更換或增加，可以取消入園（全隊或個別隊員取消），新增人員應另案提出申請。
三、羊頭山、畢祿山單攻路線：
（一）入園3天15：00前至2個月前可提出申請，得申請連日行程。
（二）每份申請書為一隊，每隊最多不得超過12人，若超過上述人數，請分別填寫，領隊及隊員均不得重覆。
（三）入園前3天內申請案件不予受理。(翌週一及連續假期應於放假前1天15：00前完成申請）
（四）入園前2個月內提出申請案件以線上申請時間為先後排序。
（五）入園申請案件經登錄系統後，日期、人員(含領隊、隊員、留守)不得更換或增加，可以取消入園（全隊或個別隊員取消），新增人員應另案提出申請。
四、錐麓古道單日路線：
（一）入園前1天15：00前至2個月前可提出申請。
（二）錐麓古道每天每一人限制申請一隊12人，申請人、領隊及隊員不得重複申請。
（三）錐麓古道受理申請時間為入園前1天15：00前至2個月前，週二至週五入園應於前1天15：00前完成申請，週六至翌週一入園應於週五15：00前完成申請（連續假期應於放假前1天15：00前完成申請），2個月內之申請案件不在此限。
（四）入園前2個月內提出申請案件以線上申請時間為先後排序。
（五）入園申請案件經登錄系統後，日期、人員(含領隊、隊員、留守)不得更換或增加，可以取消入園（全隊或個別隊員取消），新增人員應另案提出申請。
- 申請資格
本國人及外國人士均可申請，申請人需為年滿18歲成年人，於申請或時應正確填具所有隊員資料與行程計畫等，不得冒用他人資料以免觸法。
領隊需為年滿18歲成年人，並能承擔整體登山隊伍安危。
隊員如未滿18歲須取得家長同意，並於系統上傳家長或監護人簽署之同意書。
- 遞補程序
候補機制－各路線容許承載量不代表山屋床位，為因應承載量高於山屋床位，故建立候補機制如下：
（一）床位候補：路線規劃可選擇山屋床位或自備營帳，若選擇山屋，將依申請時間先後，決定床位分配順序依據，即使申請當下並無床位，當有核准隊伍取消釋出之床位，且已進入待審核狀態時，系統將依申請時間先後排序遞補，床位候補時間為核准隊伍出發前1天15:00止。
（二）承載量候補：每天每一登山路線有10隊候補名額，當承載量額滿時，系統會自動登錄為「後補」。當有核准隊伍取消，釋出名額小於第一候補隊伍，系統發mail通知第一候補隊伍，若被通知之候補隊伍於2天後15:00前尚未修正隊伍人數，將予以退件，系統將自動通知下一順位候補(例:1月1日該路線侯補隊伍被系統通知為侯補第一順位，則最晚需於1月3日15:00前至線上修正隊伍人數符合剩餘承載量，方能侯補成功)。候補截止時間依各申請路線規定日期為主。(例：奇萊主、北峰申請期限為出發5天15:00前(連續假期應於放假前1天15：00前完成候補）。
(三)錐麓古道候補：
採增額錄取。每天有10隊候補名額，當承載量額滿時，系統會自動登錄為「後補」。當日核准入園人數釋出後補名額後，候補第一順位隊伍不計人數全數核准入園，候補第一順位隊伍進行候補作業後，承載量倘有餘額則依序進行第二順位隊伍候補作業，至核准入園人數相等或大於當日承載量時即停止候補。
核准入園人數大於當日承載量，則需再次等到核准入園人數小於承載量後始依前述規則進行另次候補作業。
候補時間為週二至週五前1天15：00前，週六至翌週一為週五15：00前（連續假期應於放假前1天15：00前完成候補）。
- 人員異動
1. 入園申請案件審核通過後，日期、人員(含領隊、隊員、留守)不得更換或增加，可以取消入園（全隊或個別隊員取消），新增人員應另案提出申請。
2. 已核准入園者若因故無法成行，請於入園前1天(15:00前)線上申請系統取消此次申請核准案。線上取消入園作業時，可採全隊或部分隊員取消方式辦理。
- 外籍人士
錐麓古道外籍人士提前單日路線：
(一)入園35天前至4個月內，非假日(週一至週四)開放於臺灣國家公園入園入山線上申請服務網(英文版介面)提出申請，同一年度僅能申請1次。
(二)錐麓古道每天每一人限制申請一隊12人，國籍均須為外籍人士，於案件附加護照等身分證明電子檔文件以供審查。
(三)入園前35天內申請案件請依錐麓古道單日路線申請流程於入園前1天15：00前至2個月內提出申請。
(四)入園申請案件以線上申請時間為先後排序。
(五)入園申請案件經登錄系統後，日期、人員(含領隊、隊員、留守)不得更換或增加，可以取消入園（全隊或個別隊員取消），新增人員應另案提出申請。
- 其他
一、當颱風警報發佈期間、森林火災或其它突發事件時，管理處得另行發佈緊急措施禁止人員進入，已於該期間獲許可進入者，該許可證自動廢止(無效)，並請配合相關單位之引導離開危險山區或於安全之地點暫時躲避，以維護安全。
二、隊伍中各隊員之緊急聯絡人資料為緊急事故救難時重要資料，請填寫未入園之家人姓名電話，除外國人或同一家人外，不得使用相同代表人填寫，聯絡地址應以各自通訊地址為主。
三、違規管理：
1、入園申請系統於案件申請時會查核申請人、領隊與隊員之違規紀錄，並據此審核其入園資格。
2、如有下列事項，本處得自違規事件發生日或經本處行政裁處確定日起，停止該員進入生態保護區及其申請入園之資格，並依本處公告禁止事項處以罰鍰：
(一)不予許可入園半年：
1.申請核准除因天候狀況或特殊狀況外，無法進入園區未於入園前1天15:00前上網自行取消入園申請，申請人及領隊各記違規處分。
2.申請核准隊伍除因天候狀況或特殊狀況外，未依申請核准行程進入園區者，申請人及領隊記違規處分。
(二) 不予許可入園一年：
1.違反國家公園法第13條、第19條者、未經許可入園、冒名入園、核准隊伍挾帶未經核准人員者、領隊未到之隊伍。（惟錐麓古道領隊因故無法前往，隊員依申請順序遞補為領隊，負領隊之責，未到原領隊予以處分）。
2.為因應山區特殊環境及整體隊員之安全，領隊未負起全隊安全及緊急事件處理之責。領隊不允許可入園一年。
四、遊客進入國家公園，禁止餵食及騷擾野生動物之行為。
五、禁止攜帶寵物進入生態保護區、史蹟保存區及特別景觀區(公路沿線除外)。
六、申請入園許可及山屋床位時，申請名單應包括僱用之揹工或相關協助人員。
七、進入生態保護區及其他管制區域請隨身攜帶入園證、入山證及身分證明文件，以供查核使用。有關入山許可證之申辦請參閱警政署網頁。
八、為維護所有申請隊伍之權益，申請核准隊伍未依申請核准日期進入園區者，全隊不得進入。
九、凡進入生態保護區及其他管制區域，請先行辦理入園證，許可後再辦理入山證，當日往返者亦須依該路線規定之期限內進行申請，俾確保個人權益。